核酸提取瓶颈不再:直扩PCR技术,高效锁定目标基因-技术前沿-资讯-生物在线

核酸提取瓶颈不再:直扩PCR技术,高效锁定目标基因

作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2024-03-15T00:00 (访问量:47592)

 

在科研工作中,大家或许都有过类似经历:面对一批实验小鼠,必须依次对其实施解剖,精细分离各种组织器官,继而提取DNA并经过纯化程序,再进行PCR扩增,直至完成电泳检测分析。如此复杂的流程常常耗时超过一天,而这一切努力的目标仅仅是确认小鼠DNA中是否包含特定目标基因。其中,DNA提取和纯化步骤堪称冗长繁杂。现在有一个问题值得探究:是否有捷径可以绕过这些步骤,直接检验目标基因呢?这里,小翌为您推荐一项创新的PCR技术——直扩PCR,它能有效地帮助您应对这一挑战,简化实验过程

 

直接PCR(Direct PCR)是一种特殊的聚合酶链反应(PCR)技术,无需经过核酸提取纯化步骤,即可运用植物、动物组织、血液等未经处理的原始样本进行PCR扩增。相较于依赖严格纯化核酸的传统PCR方法,直接PCR摒弃了耗时的提取阶段,极大程度地简化实验流程,缩短实验时间,加快实验进度,并减小了在提取过程中可能引入的污染风险。其核心技术特征在于采用了对样本内抑制物质具有极高抵抗性的聚合酶,确保即使在未经纯化的样本环境中,模板DNA也能成功释放并在PCR反应体系中有效扩增,从而为DNA扩增提供了前所未有的简易途径。

 

 

翌圣生物研发的直扩PCR系列具有优秀的耐受抑制组分,有针对如动物、植物组织等不同样本的PCR产品,无需核酸提取纯化,助力快速检测。从样本开始,以未经基因组纯化的微量原始样本(图1-A)或其裂解产物(图1-B)作为模板,进行PCR-based Genotyping(见图1)。与常规PCR-based Genotyping相比,直接PCR试剂盒样本用量少,操作简单,实验成本低,可高通量化样本检测。

 

A. 直接法:取少量样本直接加入到PCR Master Mix中,进行PCR鉴定;

B. 裂解法:样本取样后,加入裂解液中,裂解释放基因组,取少量裂解上清液加入到PCR Master Mix中,进行PCR鉴定。

 

 

明星产品推荐

  植物直扩PCR(10187ES)  

适用样本:水稻、大豆、玉米、拟南芥等植物的叶片、种子

产品优势:裂解时间仅需0-10 min

 

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不同类型植物叶片扩增效率高

 

 

图3. 使用Plant Tissue PCR Kit (With Dye)扩增不同类型植物叶片结果。M:100 bp DNA ladder。C:相应植物纯化基因组DNA为模板。1-2:叶片组织裂解产物为模板。循环数:30个循环。

 

 血液直扩PCR(10188ES)  

适用样本:含EDTA、肝素、柠檬酸盐等常规抗凝剂的新鲜血液、冷藏(冻)血液及Whatman903®和FTA®商用干血渍

产品优势:扩增速度快,仅需3-10 sec/kb

 

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扩增长度高达8 kb

 

 

图4. 使用Blood Advanced Direct PCR Kit直接从人全血中扩增不同长度DNA片段。血样为-20℃储存的EDTA抗凝血,血液模板浓度为10%,延伸时间设置10 sec/kb。M为10510ES60(Yeasen)。

 

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耐受性强

 

图5 A. 使用Blood Advanced Direct PCR Kit直接从人EDTA抗凝全血中扩增2 kb长度、GC含量71%的DNA片段。血液模板浓度设置梯度0.5-50%,延伸时间为10 sec/kb。B. 使用Blood Advanced Direct PCR Kit直接从小鼠EDTA抗凝全血中扩增2.2 kb长度、GC含量67%的DNA片段。血液模板浓度设置0.5-50%,延伸时间为10 sec/kb。M为10510ES60(Yeasen)。

 

 小鼠直扩PCR(10189ES)  

适用样本:小鼠组织(如鼠尾、鼠耳、鼠趾等)

产品优势:对样本投入量要求低,仅需5 mg小鼠组织或1-5 mm鼠尾

 

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广泛的模板兼容性

 

图6. 使用Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus直接裂解(70℃裂解10 min)扩增人293细胞、唾液、头皮组织,均有明显的目的条带,Marker: 10510ES60 (Yeasen).

 

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扩增速度及产量对比

 

 

1. 质粒 10189 1 kb        11. 质粒 10189 2 kb

2. T品牌 鼠耳 1 kb        12. T品牌鼠尾 2 kb

3. T品牌鼠尾 1 kb         13. T品牌鼠耳 2 kb

4. T品牌鼠趾 1 kb         14. T品牌鼠趾 2 kb

5-6. 10189 鼠耳 1 kb       15-16. 10189 鼠耳 2 kb

7-8. 10189 鼠尾 1 kb       17-18. 10189 鼠尾 2 kb

9-10. 10189 鼠趾 1 kb      19-20. 10189 鼠趾 2 kb

 

图7. 使用Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus和T品牌产品裂解不同组织扩增不同大小的目的片段,10189ES延伸速率为5 sec/kb,T品牌延伸速率60 sec/kb。(70℃裂解10 min)

结论:Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus对不同组织裂解产物进行不同大小的目的片段扩增,在快速扩增的同时,均可达到产品定位的扩增效果,尤其是2 kb的扩增效果优于竞品。

 

 

 

产品推荐

 

产品定位

产品名称

产品货号

规格

低投入量小鼠组织直扩PCR

Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus

10189ES50/70

50 T/200 T

小鼠组织直扩PCR

Mouse Tissue Direct PCR Kit(With Dye) 小鼠组织直接PCR试剂盒

10185ES50/70

50 T/200 T

植物组织直扩PCR

Plant Tissue PCR Kit (With Dye)植物组织直接PCR试剂盒

10187ES50/70

50 T/200 T

血液直扩PCR,耐受不同抗凝剂

Blood Advanced Direct PCR Kit

10188ES50/70

50 T/200 T

增加PCR反应的灵敏度和特异性

PCR Enhancer PCR增强剂

10117ES03

1 mL

 

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