蛋白质糖基化位点鉴定最常用的是多级质谱法，蛋白质经Trypsin酶切消化成肽段后，再用PNGase F进行糖链的酶切，得到肽段和糖链两个部分。对于肽段，通过高分辨一级质谱可发现与肽段分子量理论值比较存在0.986Da的质量漂移，则可确定发生了糖基化，二级质谱同时可测定中性

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采用贝克曼库尔特用于分光系统中的微聚焦光束技术。

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Western blot 检测不同样品之间某种蛋白的表达差异，包括磷酸化蛋白的检测。

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对Mascot和EQUEST等搜索引擎的结果进行质量控制，货期数量更多的高可靠的肽段和蛋白质鉴定结果

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双向电泳(Two-dimensional electrophoresis)的基本原理是利用蛋白质的等电点和分子量不同而分离蛋白质：第一向电泳——等电聚焦（IEF）根据蛋白质的等电点不同将蛋白质分离，第二向电泳——十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS—PAGE）利用蛋白质的分子量大小不同将

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